妙善寺は、鎌倉時代の初期、親鸞聖人の弟子・菅原正円（しょうえん）が伊勢国に建てた草庵が始まりと伝わる。正円は鎌倉時代の武将・北条経時の家臣であったが、1248（宝治2）年に、出家して親鸞聖人の弟子になった。
その後、江戸時代初期の1600（慶長5）年に、菅原願正により八丁堀に移転した。しかし、1657（明暦3）年に発生した明暦の大火で本堂、その他を焼失したため、わずか50余年で八丁堀を離れ、築地に移転。築地本願寺の末寺として、寺中に入った。
移転後は、主に江戸の魚河岸で働く仲買関係の方々に布教活動を行い、順調に発展した。
しかし、1923（大正12）年の関東大震災で罹災。1927（昭和2）年、烏山の現在地に再建した。
第28代の寺崎教然（きょうねん）氏は、本願寺の名誉知堂（めいよちどう＝勤行を極めたことを認められた人の最高位）として、西本願寺第23代宗主（前々門主）・大谷光照（こうしょう）様前々門様の代務でお勤めをしたこともあるそうだ。その縁で、光照様が妙善寺を訪れることになり、お迎えのために教然氏は、大急ぎで境内に茶室を建てたという。なお、光照様は、昭和天皇の従弟（いとこ）にあたる。
境内には、築地魚河岸の墓地や、落語家7代目古今亭志ん馬、また江戸時代末期の戯作者として知られる為永春水の墓がある。春水は、1832（天保3）年頃から「春色梅暦（しゅんしょくうめごよみ）」「いろは文庫」などを書いて人気を集めた。しかし、風紀是正を目指す天保の改革の時に、江戸市民の色恋を題材とする作風を咎められ、手鎖50日の刑を受ける。これを苦にして深酒し、また、強度の神経症となり、1843（天保14）年、55歳で没した。春水の心酔者だった永井荷風は、妙善寺が築地にあった時代に、春水の墓に参拝に訪れていたという。
