宗願寺の開基は建保５（1217)年、二十四輩の一人、西念房による。当初は武州足立郡野田（現さいたま市緑区）に創建された。西念房はもと信濃国高井郡井上を本拠地とする
井上氏の出身で、井上氏は八幡太郎（源）義家の子孫であり、源平合戦でも活躍した人物である。
西念坊は、鎌倉前期の承元３（１２０９）年、越後の国府におられた親鸞聖人に入門。その後、建暦元（１２１１）年11月に赦免になった親鸞聖人の関東教化に随行し、案内した。
聖人が武蔵国足立郡野田（現さいたま市緑区）に滞在した際、草案を結んで教化を始めたのが宗願寺のはじまりで、「武州惣道場」として武蔵国の教化の中心を担った。山号の
足立山、院号の野田院はそれに由来する。
親鸞聖人ご往生となる正応３（１２９０年）年には、親鸞聖人の曾孫である覚如上人が関東の聖人の遺跡を廻られ、107歳の西念房が案内役となった。当寺はその際に描かれた開基・西念房と覚如上人、その父・覚恵上人の３人連座の御影の掛け軸を蔵している。西念房は翌年１０８歳にて往生した。
建武２（１３３５）年、第３代西祐の時に戦火を避けて野田を出、上州邑楽郡の法福寺に疎開。その後、家永元（１４５５）年に下総の古河に移り、足立山野田院宗願寺と称して現在に至っている。
３人連座の御影の掛け軸の他、親鸞聖人45歳の像と言い伝わる木造親鸞聖人像（茨城県指定文化財）、木造阿弥陀如来立像（市指定文化財）がある。
また、日本初の公害事件・足尾鉱毒事件を世に問題提起した田中正造が当時の住職と親しく、明治４４（１９１１）年、請願書執筆のために当寺に宿泊した。
前住職の義兄、直木賞作家・和田芳恵の墓もあり、和田はこの寺で執筆活動をしたこともあった。

亡くなった方のご縁をいただいているのだから「葬儀の際には、常に緊張感をもってお勤めしています」という住職。ご家族が悲しんでおられる時には「僧侶の役目とは何か、何ができるか」を考えて接しているという。
法要の際の「お斎」はほとんどが手作りで、婦人会が集まり副住職が中心となって作られる。自然豊かな境内の恵みを受け、春には竹林で採れたタケノコが、秋にはイチョウから採れた銀杏が用いられる事も多い。
なお近隣には浄土真宗本願寺派のお寺が少ないので、浄土真宗本願寺派の門徒を希望する方は、気軽に相談して欲しいという。